蛋白质组学是当前生命科学的新前沿，通过研究蛋白质的功能、结构、相互作用来系统地分析蛋白质，进而分析生命活动，成为热点的研究问题之一。尤其是，从蛋白质网络中进行多物种的关键蛋白识别、蛋白质复合物挖掘、以及蛋白质功能预测，对揭示蛋白质网络的组成结构、预测蛋白质功能、解释特定的生物进程具有重要的研究意义。本书一方面讲述利用蛋白质活性的动态性、蛋白质的亚细胞定位信息，构建精准的蛋白质相互作用网络的方法。另一方面，以此为基础，讲述从新的角度研究生物信息学中与蛋白质相关的几个重要问题，其中包括适用于多物种的关键蛋白识别、蛋白质复合物挖掘、以及蛋白质功能预测。